西黄寺是北京著名的藏传佛教寺院,始建于清顺治八年(1651 年),为清代达赖和班禅在京驻锡地。乾隆四十五年(1780 年),为表明拥护清政府治藏政策和反对帝国主义入侵西藏的坚定立场,六世班禅额尔德尼-罗桑巴丹益希启程东行,为乾隆皇帝祝寿,在承德祝寿毕,便于当年九月初二日到京,驻锡西黄寺。十一月初二日下午,因病在西黄寺内圆寂。
乾隆皇帝为之辍朝以示哀悼,并令京城各寺为六世班禅诵经49 天。然后亲率王公大臣到西黄寺致祭,向班禅法体敬献哈达、金碗、玉器等供品。为表彰六世班禅大师爱国爱教的无量功德,乾隆下令于西黄寺西偏建清净化城塔及清净化城塔院,塔内葬六世班禅大师衣冠经咒等物,以志胜因。十一月二十九日,即在六世班禅圆寂后的第二十七天,乾隆御批造龛一座,内装六世班禅衣冠等物,俟新塔造竣安放。十二月十六日乾隆御批清净化城塔铜顶通高7丈6寸,塔院大殿加重檐等。乾隆四十六年(1781 年)正月十八日,乾隆谕旨清净化城塔及塔院工程全面动工,乾隆四十七年(1782 年)十一月,塔及塔院建成,乾隆御书《清净化城塔记》,以示纪念。